Как вы думаете, почему нельзя построить филогенетические ряды для всех эволюционных ветвей?

Для построения филогенетических рядов нужны доказательства. 
Прежде всего - палеонтологические: остатки, следы,скелеты, захоронения и прочее. 
Затем своё слово берёт сравнительная анатомия, указывая на гомологи и аналоги,рудименты и атавизмы. 
Эмбриология изучает зародышевое сходство. 
Всё это классифицируется систематикой, и если выпадает какое-то звено в доказательствах, филогенез эволюционной ветви не выстраивается.